11世纪时期，意大利南部来了一群从诺曼第来的雇佣军，这群雇佣军试图想在这里建立一个新的王国。因此马耳他的阿拉伯人允许向这支雇佣军领导人罗杰伯爵纳税。罗杰伯爵的儿子罗杰二世与他一样充满着野心，并与1127年将马耳他纳入自己的版图，这也是马耳他开始天主教化的开始。随即罗杰二世便在马耳他岛上修建了天主教自治区，也就是从这个时候开始，马尔他的命运就与西西里牢牢地绑在了一起。
1192年，西西里岛的海军将军马加里托因俘获神圣罗马帝国女王康斯坦丝等一些战功，被坦克雷德国王封为马耳他的第一位伯爵。1283年，在西西里岛的晚祷战争中，阿拉贡将领劳里亚的罗杰在马耳他之战中击败了那不勒斯海军，马耳他成为了阿拉贡王国的一部分。
1523年，原来位于罗德岛的圣约翰骑士团迁到了马耳他岛，并且还得到了神圣罗马帝国皇帝查理五世的认可，之后“圣约翰骑士团”便改名为“马耳他骑士使团”。在1565年的马耳他保卫战中，骑士团击败了奥斯曼军事，这是马耳他古代上最主要的事件，因为这次胜利。马耳他骑士团成功地阻挠了奥斯曼帝国向西欧扩张的步伐。
1798年，拿破仑在率领土伦舰队进军埃及的中途在马耳他岛靠岸，拿破仑的到来破坏了马耳他恪守中立的原则。拿破仑诱使马耳他大统帅拒绝他的登陆，因此拿破仑便以此为借口驱赶骑士团，强取马尔他。
1800年，应马耳他人民的要求，英国继法国之后进入该地区。1815年，马耳他因《巴黎条约》划为英国所有，于是马耳他岛就成为大英帝国通往印度的地中海要塞。1964年9月21日，马耳他正式宣布独立。1974年，马耳他共和国正式成立。
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