顺治元年(1644年)，清兵入关，虽然经过几次波折，在第二年还是由多尔衮下令礼部，向全国强制推行“剃发令”，这引起了汉族百姓的强烈抵抗，古代上的“江阴八十一日”，就是由此引发的。
江阴县隶属常州府，本已降清，明朝的知县走了，清朝派来的知县方亨也已上任，似乎很平静。但一纸“剃发令”改变了一切。
这年六月，十几个乡绅到县衙商量，请求留下头发。知县方亨态度蛮横，破口大骂，众人都被激怒。后来方亨在文庙召集诸生(明代称考取秀才入学的生员为诸生)、乡绅、百姓一百多人，宣布“剃发令”，说是“大清律法，不可违背”。他回衙后，众人不肯离开，在庙里共同立誓：“头可断，发不可剃!”
方亨让县衙的书吏誊写常州府发来的严令剃发的布告，一个书吏抄到“留头不留发，留发不留头”一句时，再也不能忍受，他把笔扔在地上，大声喊道：“就死也罢!”全城百姓听到消息，群情激愤，议论纷纷。方亨见事态无法操纵，就给常州府写了一封密信，请求派兵来“多杀树威”。谁知密信落在了百姓的手里，这下更是火上浇油，江阴百姓当即抓住方亨，杀掉清朝的差人，共推典史陈明遇为首领，以“大明中兴”为口号，正式打起了反清的旗号。
常州知府派出300名清兵前来镇压，很快就被江阴义兵在秦望山下全歼。陈明遇带领江阴军民处决了方亨和一些准备投敌的奸细，开始布置城防。
闰六月二十一，清朝大将博洛派遣降将刘良佐带重兵包围了江阴城，刘良佐射进了一封劝降书，江阴军民断然拒绝。刘良佐先四处捕杀了城外的义兵，切断了江阴城的外援，然后开始攻城。
战斗一开始就非常激烈，江阴只是一个县城，城墙不高，清兵在城外向城上射箭，简直是箭如雨下，城墙的军兵都拿着锅盖挡箭，箭支射在锅盖上，射满了就用手拔下来，据说每天能得到好多箭矢。
战事一起，陈明遇渐渐感到力不从心，他想起了前典史阎应元。阎应元现在赋闲在家，但他一向智勇双全，很得大家的信任。陈明遇就派人连夜悄悄出城，去阎应元的住所去请他出山，主持江阴城中的大局。阎应元说：“请我主持就得听我的命令。”众人说：“敢不唯命是听?”
七月初九，阎应元带领祝塘少年六百人来到江阴城，进城后，他带人挑选青壮年男子组成民兵，分派城防任务，同时在城内昼夜巡查，肃清内奸。他和城里士绅商量后，把城里公私财物分类征集，统一分配。这样，江阴城防日益稳固。
连着几天，清兵猛攻江阴北门，在阎应元的指挥下，城上箭如雨下，清兵伤亡惨重。刘良佐又调来云梯攻城，城上用砖石投掷，并用长枪猛刺，清兵拼死攻打，双方都伤亡重大。清营里一员满族猛将奋勇登城，被城上义兵刺死，并割下了头颅，刘良佐只得临时退兵。
阎应元利用这个空隙，请来巧手匠人，创造弓弩、火砖、木铳等守城工具。这些器具都极其精致，而且杀伤力巨大，所以清兵每次来攻城都是伤亡不少。刘良佐见强攻不利，就又作了《劝民歌》来劝降，被阎应元严词拒绝。清兵在城下扎下的牛皮帐篷被守兵用火球、火箭烧毁，一时间，城上砖石弩箭齐下，清兵死伤无数，刘良佐只得退营到邓墓。
江阴向四方请求援兵，但情况却越来越糟。黄蜚、吴之葵的援兵被清将博洛击溃，二人被俘投降;自称忠义王的海盗顾三麻子率舟师来援，和清兵激战三天后败走;秀才金矿聚集了四百勇士前来，被刘良佐派兵堵截在周庄，全军覆没。至此，外面的救兵全部失败，江阴彻底成了一座孤城。
但刘良佐依旧不敢攻城，只是用火炮日夜轰击城墙。城墙曾被炮火轰塌，阎应元率领石匠冒死修葺，使之完好如初。
阎应元又假意答应投降，派百余士兵以送“降礼”为名，偷带火器进入清营，炸死两千多清兵。几天后，又挑选勇士一千在夜里杀入敌营，砍死清兵一千多人。刘良佐只得再次后撤，他没有攻城的办法，惟独再次劝降，阎应元凛然说：“有降将军，无降典史。”
清朝大将豫亲王多铎听说江阴久攻不下，非常生气，他先派出投顺的恭顺王孔有德率兵协助攻城，后又派贝勒博洛和尼堪带着红衣大炮前去。博洛带部下二十万大军来到江阴城下，他认为刘良佐攻城不利，打了他一顿板子，然后让人绑着降将黄蜚、吴之葵来城下劝降。阎应元在城头上骂道：“大臣被缚，当速就死，何必喋喋不休!”
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